Nel 1420 il Vescovo di Palestrina, Cardinal Sommariva, per combattere la setta dei fraticelli, in accordo a Giacomo Colonna, signore della città di Palestrina, supplicò il Papa Martino V di mandare in questa città alcuni frati minori osservanti.

I primi frati prenestini furono Lorenzo e Paolo, che ebbero in custodia la chiesa di San Biagio. La Bolla di fondazione è del 26 Aprile 1426, con la quale venne realizzato un antico desiderio della famiglia Colonna e degli abitanti della città. Presto arrivarono altri religiosi, e le sopraggiunte necessità di spazio costrinsero i frati a trasferirsi nell'attuale ubicazione, più panoramica ed isolata, donata da una facoltosa famiglia della città.

La costruzione della chiesa iniziò nel 1495, fu consacrata il 14 Aprile 1504. Anno fondamentale fu il 1637, quando i Minori Osservanti cambiarono la residenza con quella dei Minori Riformati di Orvieto, per la benevolenza di Urbano VIII che li desiderava più vicini.

Dal 1638 al 1640 dimorò nel convento San Carlo da Sezze; quattordici anni dopo la sede fu scelta per la scuola di filosofia. A fasi alterne, dal 1669 al 1740, vennero aggiunti al corpo primitivo nuove costruzioni, che lo hanno portato alla forma attuale. L'ultimo secolo ha visto numerosi restauri delle preziose opere pittoriche della Chiesa, del Refettorio e del Chiostro, mentre sono in avvio lavori di consolidamento delle strutture.

chiostro san francesco